2割特例が2026年9月終了｜届出と選択肢を解説

インボイス制度（適格請求書等保存方式）の開始にあわせて導入された「2割特例」は、免税事業者から課税事業者に転じた小規模事業者の消費税負担を売上税額の2割に抑える経過措置です。この特例の適用期限は2026年9月30日を含む課税期間まで。個人事業主であれば2026年分の確定申告が最後の適用機会になります。

2割特例を使っている事業者にとって、終了後の課税方式をどう選ぶかは手取りに直結する問題です。簡易課税に移行するのか、本則課税で計算するのか、あるいは免税事業者に戻るのか。それぞれに届出期限や経理実務への影響が異なり、何も手続きをしなければ自動的に本則課税が適用されます。

本記事では、2割特例の仕組みを振り返ったうえで、終了後に取りうる3つの選択肢を比較し、2026年10月までに済ませるべき準備をタイムラインで整理します。インボイス制度の実務対応や[税務調査で消費税・インボイスはどう見られるか](/column/zeimu-chousa-shouhizei-invoice/)もあわせて参照してください。

2割特例の仕組みと対象者のおさらい

2割特例とは何か

2割特例は、消費税の納税額を「売上税額 × 20%」で計算できる簡便な制度です。正式名称は「インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置」で、2023年（令和5年）10月のインボイス制度開始と同時に導入されました。根拠法令は「所得税法等の一部を改正する法律」（令和5年法律第3号）附則第51条の2です。

通常、消費税の計算は「売上税額 − 仕入税額」で納付額を求めます。本則課税では仕入先からのインボイスを1件ずつ集計し、簡易課税ではみなし仕入率を業種ごとに掛けて算出します。2割特例はこのどちらよりも計算がシンプルで、仕入れの実額やインボイスの集計が不要です。

たとえば年間の課税売上が500万円（税込550万円）の場合、消費税額50万円の20%にあたる10万円が納税額となります。仕入額が少ないサービス業やコンサルティング業では、本則課税より納税額が低く抑えられるケースが多い制度でした。

対象者の要件

2割特例を適用できるのは、次の要件をすべて満たす事業者です。

• インボイス制度を機に免税事業者から適格請求書発行事業者に登録した者
• 基準期間（個人は2年前、法人は2事業年度前）の課税売上高が1,000万円以下
• 資本金1,000万円以上の新設法人や課税事業者選択届出書の提出により課税事業者になった者は対象外

つまり、もともと消費税を納める義務がなかった小規模事業者が、インボイス制度への対応で課税事業者になった場合に限って使える措置です。制度開始前から課税事業者だった法人や、基準期間の課税売上高が1,000万円を超えた年度は対象になりません。

適用期間

適用期間は「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する各課税期間」です。個人事業主は暦年が課税期間なので、2023年10月〜12月、2024年1月〜12月、2025年1月〜12月、2026年1月〜12月の4期間が対象となります。

法人は事業年度によって最終適用期間が異なります。3月決算法人であれば2026年4月〜2027年3月の事業年度に2026年9月30日が含まれるため、この期間まで2割特例を使えます。12月決算法人は2026年1月〜12月が最終期間です。

2割特例終了後の3つの選択肢

2026年10月以降（個人事業主は2027年1月以降）、2割特例が使えなくなった後の消費税の計算方法は、大きく分けて3つの選択肢があります。それぞれの仕組み、メリット・デメリット、向いている事業者のタイプを整理します。

選択肢1：簡易課税制度への移行

簡易課税制度は、実際の仕入額ではなく「みなし仕入率」を使って仕入税額控除を計算する仕組みです。業種ごとに定められたみなし仕入率（第1種90%〜第6種40%）を売上税額に掛けて仕入税額を算出するため、インボイスの集計は不要です。

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が対象で、選択には「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要です。

業種区分	みなし仕入率	該当する業種の例
第1種（卸売業）	90%	商品卸売、代理店業
第2種（小売業等）	80%	小売店、農林漁業（飲食料品の譲渡）
第3種（製造業等）	70%	製造業、建設業、鉱業
第4種（その他）	60%	飲食店業、金融・保険業
第5種（サービス業等）	50%	コンサルティング、情報通信業、運輸業
第6種（不動産業）	40%	不動産仲介、不動産賃貸業

簡易課税に移行する場合の納税額を計算してみます。課税売上500万円（消費税50万円）のサービス業（第5種）の場合、みなし仕入率50%を適用して仕入税額は25万円、納税額は50万円 − 25万円 = 25万円です。2割特例なら10万円だったので、15万円の負担増になります。

一方、建設業（第3種）であればみなし仕入率70%で、納税額は15万円。2割特例との差額は5万円にとどまります。

簡易課税の利点は、本則課税ほど経理事務が煩雑にならない点です。仕入先がインボイスを発行しているかどうかを気にする必要がなく、記帳負担も比較的軽い。2割特例に近い運用感覚で移行できるため、事務負担を抑えたい小規模事業者に適しています。

注意点として、簡易課税は原則2年間の継続適用が必要です（消費税法37条3項）。一度選択すると2年間は本則課税に戻せないため、設備投資など大きな仕入れが予定されている年度は慎重に判断してください。

選択肢2：本則課税（原則課税）を選ぶ

本則課税は、実際に支払った仕入税額をインボイスに基づいて積み上げ、売上税額から差し引く方法です。消費税法の本来の計算方法であり、届出なしで適用されます。

本則課税が有利になるのは、仕入額が売上に対して大きい業種や、設備投資を行う年度です。建設業で外注費が売上の70%以上を占める場合や、製造業で原材料費が売上の60%を超える場合は、簡易課税のみなし仕入率より実際の仕入率のほうが高くなり、本則課税で計算したほうが納税額を抑えられます。

還付が受けられる点も本則課税ならではのメリットです。輸出取引が多い事業者や、大規模な設備投資を実施した年度は、仕入税額が売上税額を上回り、差額の還付を受けられます。簡易課税では消費税の還付は生じません。

反面、経理事務の負担は3つの選択肢の中で最も重くなります。すべての仕入取引についてインボイスの受領・保存・登録番号の確認が求められ、税率ごとの区分経理も必要です。会計ソフトの導入やクラウド会計の活用が事実上不可欠で、自力での申告は現実的ではありません。

項目	本則課税	簡易課税	2割特例
仕入税額の計算	インボイスの実額を積み上げ	みなし仕入率で概算	売上税額の20%
インボイスの保存	必須	不要	不要
消費税の還付	あり	なし	なし
届出	不要（原則適用）	事前届出が必要	申告書に記載のみ
継続適用の縛り	なし	原則2年	なし
向いている事業者	仕入比率が高い、設備投資がある	仕入比率が低い〜中程度	小規模・事務負担を最小化したい

選択肢3：免税事業者に戻る

適格請求書発行事業者の登録を取り消し、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば、免税事業者に戻ることも制度上は可能です。免税事業者になれば消費税の申告・納付義務がなくなります。

ただし、この選択にはビジネス上のリスクが伴います。取引先が課税事業者の場合、免税事業者からの仕入れについて仕入税額控除が制限されます。令和8年度税制改正で経過措置のスケジュールが見直され、当初の予定よりも段階的に引き下げられることになりましたが、最終的にはゼロになります。

改正後の仕入税額控除の経過措置スケジュールは次のとおりです。

期間	控除割合
2023年10月〜2026年9月	80%
2026年10月〜2028年9月	70%
2028年10月〜2030年9月	50%
2030年10月〜2031年9月	30%
2031年10月以降	0%（経過措置終了）

当初は2026年10月に80%から50%へ一気に引き下げられる予定でしたが、改正により70%を経由する2年間が挟まれ、激変が緩和されています。ただし方向性は変わらず、いずれ控除がなくなる前提で制度設計が進んでいます。

免税事業者に戻る判断が合理的なのは、主な取引先が一般消費者（BtoC）である場合です。飲食店や美容室など、最終消費者から直接売上を得るビジネスモデルでは、取引先の仕入税額控除を気にする必要がありません。逆にBtoB取引が中心の事業者は、免税事業者に戻ると取引先から値下げ交渉を受けたり、取引自体を見直されたりするリスクがあります。

登録取消の手続きとしては、「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める届出書」を税務署に提出します。届出書の提出期限は、取消しを希望する課税期間の初日から起算して30日前の日です。2027年1月1日から免税に戻りたい個人事業主は、2026年12月1日までに届出書を提出する必要があります。

個人事業主限定の「3割特例」（令和8年度税制改正）

2025年12月に公表された令和8年度税制改正大綱で、2割特例の終了を受けた新たな経過措置として「3割特例」が盛り込まれました。

3割特例は、消費税の納税額を「売上税額 × 30%」で計算できる制度です。2割特例と同じ仕組みで、税率が20%から30%に引き上げられた形になります。

対象は個人事業主に限定され、法人は利用できません。適用期間は2027年分と2028年分の2年間で、2割特例と同じく事前届出は不要。確定申告書に3割特例の適用を受ける旨を記載するだけで利用できます。

対象者の要件は2割特例とほぼ同じで、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者となった個人事業主で、基準期間の課税売上高が1,000万円以下の者です。

課税売上500万円（消費税50万円）のサービス業の場合で計算すると、3割特例での納税額は50万円 × 30% = 15万円。2割特例（10万円）からは5万円増ですが、簡易課税・第5種（25万円）よりは10万円少なくなります。

ただし3割特例は2年間限りの時限措置です。2029年分以降は簡易課税か本則課税のいずれかを選ぶことになるため、3割特例の適用期間中に将来の課税方式を検討しておく必要があります。

2026年10月までの準備タイムライン

「何も届出を出さなければ本則課税」という原則を踏まえると、簡易課税への移行や免税事業者への復帰を考えている事業者は、期限に遅れないための計画的な行動が不可欠です。以下は個人事業主を想定したタイムラインですが、法人は事業年度に置き換えて読み替えてください。

2026年4〜6月：現状把握と方針検討

まず自社の消費税の計算構造を把握します。過去2〜3年分の確定申告書をもとに、2割特例・簡易課税・本則課税のそれぞれで納税額がいくらになるかを試算してください。

試算に必要な数字は3つです。年間の課税売上高（税抜）、年間の課税仕入高（税抜）、該当する事業区分（簡易課税のみなし仕入率を決定するため）。顧問税理士がいる場合は、この段階で相談を始めておくと後の手続きがスムーズです。

2026年7〜9月：方針決定と届出書の準備

試算結果をもとに、簡易課税・本則課税・免税事業者（・3割特例）のどれを選ぶか方針を固めます。

簡易課税を選ぶ場合は「消費税簡易課税制度選択届出書」を作成します。国税庁のホームページからダウンロードでき、e-Taxでの提出も可能です。免税事業者に戻る場合は「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める届出書」を準備します。

本則課税を選ぶ場合は届出不要ですが、インボイスの受領・保存体制の整備が必要です。会計ソフトの消費税設定を見直し、税率ごとの区分経理に対応できるか確認してください。

2026年10〜12月：届出書の提出と体制整備

個人事業主が2027年分から簡易課税を適用するための届出期限は2026年12月31日です。2割特例を適用した課税期間の翌期間に移行する場合の特例が使えるため、通常の「適用年度の前年末まで」というルールより柔軟に対応できます。

免税事業者に戻る場合は、2027年1月1日からの適用を希望するなら2026年12月1日までに取消届出書を提出します。

届出後は取引先への通知も忘れないでください。簡易課税への移行は取引先に影響しませんが、免税事業者に戻る場合はインボイスを発行できなくなるため、継続取引のある法人顧客には事前に伝える必要があります。

2027年1月〜：新しい課税方式での申告開始

2027年分の確定申告（2028年3月が申告期限）から、選択した課税方式で消費税を計算・申告します。個人事業主で3割特例を選ぶ場合は、確定申告書にその旨を記載すれば適用されます。

3割特例は2028年分まで使えますが、2029年分以降は簡易課税か本則課税を選ぶことになります。3割特例の適用期間中に、2029年以降の方針も並行して検討しておくことを推奨します。

判断に迷ったときの考え方

3つの選択肢（プラス個人事業主は3割特例）のどれが最適かは、事業の形態や取引先の構成によって異なります。判断の軸をいくつか示します。

仕入比率が売上の50%以下で、BtoB取引が中心の事業者は、簡易課税への移行が最も手堅い選択です。経理の手間は2割特例と大きく変わらず、本則課税のようなインボイス管理も不要です。みなし仕入率が実際の仕入率より高い業種であればなおさら有利になります。

仕入比率が高い（60%以上）、または近いうちに大きな設備投資を予定している事業者は、本則課税のほうが納税額を抑えられる可能性があります。特に設備投資の年度は消費税の還付を受けられる場合があり、簡易課税では還付が発生しないため、投資計画と課税方式の選択はセットで検討すべきです。

売上の大半がBtoC（一般消費者向け）で、取引先から仕入税額控除を求められない事業者は、免税事業者に戻ることも選択肢に入ります。飲食店・美容室・教室運営などが典型です。ただし、法人顧客が一部でもいる場合は慎重に判断してください。

個人事業主で、もう2年間は事務負担を最小化したいという場合は、3割特例で時間を稼ぎつつ、2029年以降の体制を整える方法もあります。3割特例の2年間で会計ソフトの導入や税理士との契約を進め、段階的に本格的な消費税申告体制に移行する計画です。

どの方式が有利かの試算は顧問税理士に依頼するのが確実ですが、目安として「課税売上高 × みなし仕入率」と「実際の課税仕入高」を比較し、みなし仕入率による概算が実額を上回るなら簡易課税、下回るなら本則課税が有利です。

税務調査への備えの観点からも、課税方式の選択は重要です。簡易課税では事業区分の誤りが調査での指摘ポイントになりやすく、本則課税ではインボイスの保存不備が否認の原因になります。選んだ方式に応じた記帳・保存体制を整備しておきましょう。

まとめ