補助金受給後の税務処理完全ガイド｜圧縮記帳から消費税まで

補助金の申請・受給に意識が向きがちですが、受給後の税務処理を正しく行わなければ、想定外の税負担が発生するリスクがあります。補助金は原則として課税対象であり、圧縮記帳や消費税の処理など、経理担当者が理解しておくべき実務上の論点が複数あります。本記事では、補助金受給後の税務処理を、法人と個人事業主それぞれの根拠条文に沿って整理します。とくに個人事業主については、法人の圧縮記帳とは別建ての「国庫補助金等の総収入金額不算入」（所得税法42・43条）を条文単位で解説します。（関連記事: 補助金申請の全体フロー）

法人と個人事業主で、使う制度そのものが違う

補助金は返済義務のない資金なので、法人なら益金、個人事業主なら事業所得の総収入金額に入ります。ここまでは同じですが、税負担を平準化する仕組みは、法人と個人でまったく別の条文に置かれています。

項目	法人	個人事業主
根拠条文	法人税法第42条〜第44条	所得税法第42条・第43条
制度名	圧縮記帳	国庫補助金等の総収入金額不算入
効果	圧縮額を損金に算入する	補助金相当額を総収入金額に算入しない
判定の時点	事業年度終了の時	その年の12月31日
経理の要件	帳簿価額を損金経理により減額するか、積立金として積み立てる	経理の要件はない
未確定の場合	特別勘定を設けて損金算入（43条）	そのまま総収入金額に不算入（43条）
申告の要件	確定申告書に明細を記載	確定申告書に適用を受ける旨・不算入額等を記載
記載がないとき	税務署長の宥恕規定あり（法人税法42条4項ほか）	税務署長の宥恕規定あり（所得税法42条4項・43条5項）

個人事業主は「圧縮記帳」という経理をしません。 帳簿価額を減らしたり積立金を立てたりする必要はなく、確定申告の段階で総収入金額から除く形になります。この違いを知らずに法人向けの解説どおりに帳簿を作ると、かえって処理を誤ります。

法人の場合：圧縮記帳（法人税法42〜44条）

法人が固定資産の取得または改良に充てるための国庫補助金等の交付を受け、その返還を要しないことが事業年度終了の時までに確定し、かつその事業年度終了の時までに交付の目的に適合した固定資産を取得または改良したときは、圧縮限度額の範囲で帳簿価額を損金経理により減額するか、圧縮限度額以下の金額を積立金として積み立てることで、その金額を損金に算入できます（法人税法第42条第1項）。

返還を要しないことが期末までに確定していない場合は、特別勘定を設けて損金算入します（同法第43条第1項）。その後に確定したときは、特別勘定を取り崩して圧縮記帳します（同法第44条第1項）。

圧縮記帳は課税の免除ではなく繰延べです。帳簿価額が圧縮された分だけ将来の減価償却費が減るため、耐用年数全体を通じた税負担の総額は変わりません。

直接減額方式と積立金方式の仕訳、42条・43条・44条の判定フロー、補助金種別ごとの適用可否は「補助金の会計処理と圧縮記帳」で詳しく整理しています。

個人事業主の場合：総収入金額不算入（所得税法42・43条）

圧縮記帳ではなく「総収入金額に算入しない」

個人事業主が固定資産の取得または改良に充てるための国庫補助金等の交付を受けた場合、次の2つをその年の12月31日までに満たしていれば、交付を受けた国庫補助金等の額に相当する金額を、各種所得の金額の計算上、総収入金額に算入しません（所得税法第42条第1項）。

• その国庫補助金等の返還を要しないことが確定していること
• 交付の目的に適合した固定資産を取得または改良していること

法人の圧縮記帳と結果は似ていますが、条文の書き方が「損金に算入する」ではなく「総収入金額に算入しない」なので、帳簿上で圧縮損を立てる処理は不要です。

なお、国庫補助金等の交付に代えて固定資産そのものの交付を受けたときも、その固定資産の価額に相当する金額を総収入金額に算入しません（同条第2項）。

判定の基準日は12月31日

法人は事業年度終了の時で判定しますが、個人は暦年課税なのでその年の12月31日が基準です（年の中途で死亡または出国した場合はその時）。

12月に額の確定通知が届いたが資産の取得が翌年になる、といったケースでは、条文の原則どおりならその年に42条は使えません。設備の納品と検収を年内に済ませられるかどうかが、適用できる年を分けます。

ただし個別の事情によっては別の取扱いが認められた事例もあります。年をまたぎそうな場合は、自己判断で処理を決めず、所轄税務署または税理士に確認してください。

年末までに返還不要が確定していないとき（43条）

年末時点で返還を要しないことが確定していない場合、所得税法第43条第1項により、その国庫補助金等の額に相当する金額はその年分の総収入金額に算入しません。法人のように特別勘定を設ける必要はありません。

その後の扱いは次のとおりです。

状況	扱い	根拠
返還を要しないことが確定した	確定した日の属する年分の総収入金額に算入する。ただし交付目的に適合した固定資産の取得・改良に充てられた金額のうち政令で定める金額は除く	43条2項
返還すべきことが確定した	確定した日の属する年分の必要経費または支出した金額に算入しない	43条3項

つまり、年をまたいで確定した場合でも、固定資産の取得に充てた部分は最終的に課税されない仕組みになっています。

年をまたぐときの流れ

適用の要件は確定申告書への記載

42条・43条のいずれも、確定申告書に「その規定の適用を受ける旨」「総収入金額に算入されない金額」「その他財務省令で定める事項」を記載した場合に限り適用されます（42条3項、43条4項）。記載を忘れると、原則として適用を受けられません。

減価償却の取り扱い

42条・43条の適用を受けた固定資産について、その後の減価償却費の計算や、譲渡したときの事業所得・譲渡所得等の計算に必要な事項は政令に委ねられています（42条5項、43条6項）。実質的には、補助金相当額を差し引いた金額を基礎に償却していくことになるため、法人の圧縮記帳と同じく、将来の必要経費が減る形で課税が繰り延べられます。

補助金がどの所得になるか（個人事業主）

個人事業主の場合、補助金がどの所得区分に入るかで税額が変わります。

事業に関連して交付される補助金は、原則として事業所得の総収入金額です。設備投資の補助金も、経費を補填する補助金も、事業のために受けたものであれば事業所得に含めます。

一方、事業と関係なく受け取った給付金は、性質に応じて一時所得や雑所得になります。一時所得なら50万円の特別控除があり、課税されるのは残額の2分の1です（所得税法第34条）。 事業所得として全額を計上するのか、一時所得として控除を使えるのかで手取りが変わるため、交付要綱で「何に対する給付か」を確認します。

総収入金額不算入と青色申告特別控除

事業所得の総収入金額が減れば、そのぶん事業所得の金額も下がります。総収入金額不算入を適用して所得が小さくなると、青色申告特別控除（最大65万円）を控除しきれない場合があります。 55万円・65万円の控除は不動産所得と事業所得の合計額（黒字分）を限度とするため、所得がそれを下回れば控除は所得の金額までとなり、使い切れなかった分を翌年に繰り越すことはできません。補助金の額が大きく、適用によって所得が大きく圧縮される年は、この点も含めて有利不利を検討します。設備の取得を翌年に回して適用年をずらせるなら、その選択肢も含めて税理士に相談してください。

事業税・住民税への波及

個人の住民税（所得割）は所得税の所得金額を基礎に計算するため、総収入金額不算入で所得が下がれば住民税にも波及します。個人事業税は、青色申告特別控除を加算し直したうえで事業主控除などを差し引いて計算するため、所得税と同じようには連動しません。

法人の場合も、法人事業税の所得割や法人住民税の法人税割には圧縮記帳の効果が及びますが、均等割のように所得と無関係に課される部分は変わりません。補助金の税負担を試算するときは、法人税・所得税だけでなく地方税まで含めて見積もると実態に近くなります。

消費税の取り扱い

補助金と消費税の関係

補助金自体は対価性がないため、消費税法上は不課税取引に該当します。したがって、補助金の受取りについて消費税を納める必要はありません。

ただし、補助金で購入した物品やサービスには消費税が含まれています。この消費税について仕入税額控除を適用するかどうかが実務上の論点となります。

仕入税額控除との関係

課税事業者が補助金を使って課税仕入れを行った場合、その仕入れに係る消費税は原則として仕入税額控除の対象となります。つまり、補助金で支払った経費に含まれる消費税分も、消費税の確定申告において控除できるのが原則です。

しかし、一部の補助金では、消費税の仕入税額控除が可能な場合は補助金の額を減額する（消費税相当額を返還する）取り決めがあります。事業再構築補助金やものづくり補助金などの主要補助金では、確定申告後に仕入税額控除の状況を報告し、控除できた消費税相当額を返還する手続きが求められます。

免税事業者の場合は仕入税額控除が適用されないため、消費税相当額の返還は求められません。ただし、課税期間の途中で課税事業者になった場合や、簡易課税制度を適用している場合は取り扱いが異なるため、個別に確認が必要です。

収益計上のタイミング

設備投資型は額の確定通知が基準

補助金の収益計上は、権利確定主義により収入すべき権利が確定した事業年度に行います。何をもって確定とするかは補助金の制度によって変わるため、交付規程を確認して判断します。

実績報告を経て額が確定する設備投資型の補助金では、交付決定の段階で受け取る金額が決まっていません。交付決定は補助率と上限額を示すもので、実績報告後の額の確定通知で金額が定まります。この型では額の確定通知を受けた事業年度に計上し、入金が翌事業年度になる場合は未収入金とします。

一方、交付決定の通知の時点で金額と権利が確定する制度もあります。「補助金は必ず額の確定通知まで計上しない」と一律に決めず、その補助金がどの段階で権利が確定する設計になっているかを交付規程で確認してください。

ただし、決算期末時点で交付決定は受けているが金額が未確定の場合や、実績報告の審査中で最終的な補助金額が確定していない場合は、見積もりによる計上が必要になることがあります。このような場合は、未収入金として計上し、金額確定後に差額を調整する処理が一般的です。

雇用系の給付金は金額が未確定でも見積計上する

設備投資型の補助金と扱いが違うのが、雇用調整助成金やキャリアアップ助成金のような経費を補填する給付金です。

法人税基本通達2-1-42は、休業手当・賃金・職業訓練費等の経費を補填するために雇用保険法等に基づき交付を受ける給付金等について、その給付の原因となった休業・就業・職業訓練等の事実があった日の属する事業年度終了の日において金額が具体的に確定していない場合であっても、その金額を見積もって益金に算入するとしています。

同通達の注書きは、定年の延長や高齢者・障害者の雇用など雇用の改善を図ったことにより交付を受ける奨励金等について、支給決定があった日の属する事業年度の益金に算入するとしています。

補助金・給付金の性質	収益計上の時期	根拠
設備投資に充てる補助金	額の確定通知を受けた事業年度	権利確定主義。法基通10-2-1（注）が返還不要の確定を額の確定通知としている
休業手当・賃金等を補填する給付金	事実があった事業年度（金額未確定でも見積計上）	法基通2-1-42
雇用の改善に対する奨励金等	支給決定があった日の属する事業年度	法基通2-1-42（注）

「補助金は額の確定まで計上しない」と一律に覚えると、雇用系の給付金で期ずれを起こします。 決算では、受給予定の給付金がどの性質のものかを分けて確認してください。

圧縮記帳との関係

42条1項は「当該事業年度終了の時までに取得又は改良をした」固定資産を対象としており、同一事業年度中の取得に限られるわけではありません。その固定資産が前の事業年度に取得した減価償却資産である場合は、国庫補助金等の額を基礎として政令の定めにより計算した金額が圧縮限度額になります。

事業年度をまたぐ場合は、返還不要が期末までに確定していないなら特別勘定を設けて損金算入し（法人税法第43条第1項）、確定した事業年度に特別勘定を取り崩して圧縮記帳します（同法第44条第1項）。

見落とされやすい3つの波及

特別償却・税額控除の計算基礎も小さくなる

補助金で取得した設備に、中小企業向けの特別償却や税額控除を併用したいことがあります。ここで注意が要るのは、圧縮記帳や総収入金額不算入を適用すると、特別償却率や税額控除率を掛ける基礎となる税務上の取得価額が、圧縮後（不算入後）の金額になるという点です。積立金方式では会計上の帳簿価額は減りませんが、税務上の取得価額は圧縮後の金額で見ます。

法人税法第42条第1項は「その帳簿価額を損金経理により減額し」と定めており、圧縮後の金額がその資産の取得価額として以後の計算に使われます。個人事業主の総収入金額不算入でも、償却費の計算は補助金相当額を差し引いた金額を基礎とします（所得税法第42条第5項）。

消費税の課税売上高には含まれない

補助金は対価性がないため不課税取引です。したがって、消費税の納税義務を判定する基準期間の課税売上高にも、課税売上割合の計算にも含まれません。

補助金を受けて売上規模が大きく見えても、それだけで課税事業者になることはありません。逆に、補助金を含めた事業規模で判断して誤って課税事業者選択届出を出すと、2年間は原則として選択をやめられないため、判定は課税売上高だけで行ってください。

資産を売却・除却したときの損益が変わる

圧縮記帳や総収入金額不算入を適用した資産は、帳簿価額が補助金相当額だけ小さくなっています。そのため、その資産を売却したときの譲渡益は、適用しなかった場合より大きくなります。

補助金で1,000万円の設備を取得し、500万円の補助金について圧縮記帳を適用した場合、帳簿価額は500万円から償却が始まります。数年後に600万円で売却すれば、償却後の簿価との差額が譲渡益になり、繰り延べていた課税がここで一部実現します。

補助金の交付要綱には、一定期間内の処分に制限（財産処分の承認や補助金の返還）が定められていることが多い点も、あわせて確認してください。 税務上の損益と、補助金制度上の処分制限は別の話です。

実務上の注意点

決算前に確認する順序

補助金を受けた年度の決算では、次の順に確認すると処理を誤りにくくなります。

1. その補助金は何に充てたか。 固定資産の取得・改良に充てた部分と、経費に充てた部分を交付要綱の補助対象経費で切り分ける。固定資産に充てた部分だけが圧縮記帳（法人）・総収入金額不算入（個人）の入口に立てる
2. 額の確定通知は届いているか。 法人は事業年度終了の時、個人は12月31日で判定する。届いていれば確定、届いていなければ法人は特別勘定（43条）、個人はそのまま不算入（43条）
3. 資産の取得・改良は期末までに終わっているか。 検収まで済んでいるかを確認する。納品が期末をまたぐと当期は適用できない
4. 雇用系の給付金が混ざっていないか。 休業手当等を補填する給付金は、金額未確定でも見積計上する（法基通2-1-42）。設備投資型と同じ扱いにしない
5. 消費税相当額の返還義務があるか。 交付要綱を確認し、返還が生じる年度と金額を見込んでおく
6. 申告書への記載を忘れていないか。 法人は明細書の添付、個人は確定申告書への記載が適用要件

この6点のうち、期末を過ぎてから取り返せるのは6番だけです。 1〜5は決算日までの事実で決まるため、決算の直前ではなく、補助金の交付決定を受けた時点でスケジュールを引いておきます。

帳簿書類の保存

補助金に関する帳簿書類（交付決定通知書、実績報告書、経費の証拠書類など）は、法人税法上の保存義務期間（原則7年間）にわたって保存する必要があります。補助金の事務局から求められる保存期間が法定保存期間より長い場合は、事務局の指定する期間に従ってください。

消費税相当額の返還と法人税の関係

補助金の交付要綱で消費税相当額の返還が求められる場合、返還した金額の税務上の扱いも整理しておきます。この返還は税法上の制度ではなく、交付要綱に基づく補助金の返還です。 返還義務が確定した時期と当初の処理によって、補助金収入の減額として扱うか、返還した事業年度の損金（必要経費）として扱うかが変わります。返還額が確定するのは消費税の確定申告後なので、補助金を受けた年度と返還する年度がずれることがあります。圧縮記帳を適用していた場合、返還によって補助金の額が減れば圧縮限度額も変わります。 金額が大きいときは、当初の圧縮額の算定を含めて税理士に確認してください。

補助金の種類で判断が変わる

同じ「補助金」でも、固定資産の取得に充てたかどうかで扱いが分かれます。

補助金の使途	法人	個人事業主
機械装置・建物など固定資産の取得・改良	圧縮記帳の対象になり得る	総収入金額不算入の対象になり得る
広告宣伝費・旅費など経費	対象外。受給年度に全額が益金	対象外。受給年度に全額が総収入金額
人件費の補填（雇用系の助成金）	対象外。見積計上の対象	対象外

「固定資産の取得または改良に充てるための」補助金であることが、両制度に共通する入口の要件です。 交付要綱の補助対象経費を見て、固定資産に計上される部分がいくらかを切り分けるところから始めます。

税理士への相談

補助金の税務処理は、圧縮記帳の適用判断、消費税の取り扱い、収益計上時期の判断など、専門的な知識が求められる分野です。補助金を受給した場合は、決算・確定申告の前に税理士に相談し、適切な処理方法を確認することが特に重要です。

出典

• e-Gov法令検索「法人税法」第42条（国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入）、第43条（国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入）、第44条（特別勘定を設けた場合の圧縮額の損金算入）
• e-Gov法令検索「所得税法」第42条（国庫補助金等の総収入金額不算入）、第43条（条件付国庫補助金等の総収入金額不算入）、第34条（一時所得）
• e-Gov法令検索「消費税法」第2条第1項第8号（資産の譲渡等）、第30条（仕入れに係る消費税額の控除）
• 国税庁「法人税基本通達 第2章第1節第7款 その他の収益等」2-1-42（休業手当等を補填する給付金等の帰属の時期）
• 国税庁「法人税基本通達 第10章第2節 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳」10-2-1（返還が確定しているかどうかの判定）
• e-Gov法令検索「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」第15条（補助金等の額の確定等）

（いずれも2026年8月31日に内容を確認しています。適用の可否は補助金の交付要綱と個々の事情で変わるため、実務にあたっては顧問税理士にご確認ください。）

まとめ

補助金・助成金の活用についてのご相談

補助金や助成金の申請手続きは、制度ごとに要件や書類が異なるため、自社だけで対応するには負担が大きいケースもあります。財務改善ナビでは、中小企業の財務改善に関する無料相談を受け付けています。「自社にはどの制度が合っているのか」「申請に向けてまず何を準備すべきか」など、無料相談窓口までお問い合わせください。当社がお受けするのは制度の一般的な情報提供と論点整理で、個別の課税標準・税額の計算や申告書の作成、具体的な税務相談は税理士が行います。