税務調査で電子帳簿保存法はどう見られる？｜対応チェックリストと指摘パターン

2024年1月、電子取引データの電子保存が完全義務化されました。それまで認められていた「出力書面による保存」の経過措置が終了し、メールやWebで受け取った請求書・領収書などの取引情報は、電子データのまま保存しなければなりません。

この義務化を受けて、税務調査の現場でも電子帳簿保存法（以下「電帳法」）への対応状況が確認項目に加わっています。「対応したつもりだったが、要件を満たしていなかった」「保存はしていたが検索できる状態になっていなかった」というケースが実際に発生しており、調査時に思わぬ指摘を受ける企業も出てきています。

本記事では、電帳法が税務調査でどのように確認されるか、調査官がどの部分を重点的にチェックするか、そして対応に漏れがないかを確認できるチェックリストを解説します。調査官が電帳法で確認する6つのチェックポイントに焦点を当てた記事は税務調査と電子帳簿保存法｜調査官が見る6つのチェックポイントにまとめています。税務調査の全体像については税務調査の完全ガイドを先にお読みいただくと、本記事の内容をより活かせます。

電子帳簿保存法の3つの区分と義務の範囲

電帳法は「電子取引データの保存」「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」の3区分で構成されています。このうち、2024年1月から義務化されたのは「電子取引データの保存」のみです。残りの2つは任意適用であり、対応していなくても法的な問題にはなりません。

各区分の概要を整理します。

電子取引データの保存（義務）は、電子的に授受した取引情報を、一定の要件を満たした形で電子データのまま保存する制度です。対象となるのは、メール添付のPDF請求書、Web上でダウンロードした領収書、EDIシステムで受信した取引データ、クラウド請求サービスで発行・受領した書類などです。根拠条文は電子帳簿保存法第7条に定められています。

電子帳簿等保存（任意）は、会計ソフトで作成した仕訳帳や総勘定元帳を紙に出力せず電子データのまま保存する制度です。国税庁の「優良な電子帳簿」の要件を満たすと、過少申告加算税が5%軽減される優遇措置を受けられます（電子帳簿保存法第8条第4項）。

スキャナ保存（任意）は、紙で受領した領収書・請求書をスキャンして電子データとして保存する制度です。紙の原本を廃棄できるため、書類保管のコストを削減できます。

税務調査で電帳法のどこが見られるか

税務調査において、調査官は帳簿書類の確認とあわせて電子取引データの保存状況を確認します。従来の紙ベースの調査とは異なり、電子データ特有の確認手順があります。

調査官が確認する4つのポイント

1つ目は、電子取引データがそもそも電子保存されているかどうかです。義務化後も「メールで受け取った請求書をプリントアウトしてファイリングしている」企業は少なくありません。出力書面だけでは電帳法の保存義務を果たしたことにならないため、調査官はデータの保存場所と保存形式を最初に確認します。

2つ目は、保存要件を満たしているかです。電子取引データの保存には「真実性の確保」と「可視性の確保」の2つの要件があります。具体的には、タイムスタンプの付与または訂正・削除の履歴が残るシステムの使用（真実性）、取引年月日・取引金額・取引先の3項目で検索できる機能の確保（可視性）が求められます。

3つ目は、データのダウンロードに対応できるかです。調査官は国税通則法第74条の2に基づく質問検査権により、電子取引データの提示・提出を求めることができます。電帳法第7条第6項では「ダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合」の検索要件の緩和が定められており、逆にいえばダウンロードの求めに応じられる環境が前提となります。

4つ目は、事務処理規程の有無です。タイムスタンプを付与せず、訂正・削除の履歴が残るシステムも使用していない場合は、「正当な理由がない訂正及び削除の防止に関する事務処理の規程」を定めて運用する方法が認められています。この規程を整備している企業には、規程の内容と実際の運用状況を確認します。

検索機能の要件 — 小規模事業者の緩和措置

検索機能の確保は電帳法の保存要件のひとつですが、基準期間（前々事業年度）の売上高が5,000万円以下の事業者には緩和措置があります。

この緩和措置の適用を受ける場合、取引年月日・取引金額・取引先での検索機能がなくても、税務調査時に調査官のダウンロードの求めに応じることができれば要件を満たすことになります（電子帳簿保存法施行規則第4条第3項）。

ただし「ダウンロードの求めに応じられる」とは、データが整理された状態で保管されており、調査官が求めた取引のデータを合理的な時間内に提出できることを意味します。フォルダの中にファイルが散在していて探すのに数時間かかるような状態は、実質的に求めに応じられていないと判断される可能性があります。

電帳法未対応だと調査でどうなるか

電子取引データの電子保存義務に対応していない場合、税務調査でどのような影響が出るのか。想定されるシナリオを3段階で整理します。

段階1 — 保存要件不備の指摘

保存はしているものの、真実性の確保（タイムスタンプ・履歴管理・事務処理規程のいずれかの措置）や可視性の確保（検索機能・見読性）が不十分な場合、調査官から要件不備の指摘を受けます。この段階では直ちにペナルティが課されるわけではありませんが、保存要件を満たしていない電子データは国税関係書類としての証拠力が弱まります。

段階2 — 経費の証拠書類としての有効性が問われる

保存要件を満たしていないデータであっても、取引の事実が確認できれば直ちに経費が否認されるわけではありません。国税庁は「保存要件に従って保存できなかったことについて相当の理由がある場合」には、そのデータの保存をもって保存義務を果たしたものとして取り扱うとしています。

ただし、データの真実性を確認できない状態（ファイルの改ざんが疑われる、作成日が特定できない等）では、経費の証拠書類としての有効性そのものが争点になり得ます。税務調査で否認されやすい経費11選でも解説しているとおり、証拠書類の不備は経費否認の主要な原因です。

段階3 — 青色申告の承認取消しリスク

電帳法の違反が悪質と認定された場合、最も重い処分として青色申告の承認取消しが検討されます（所得税法第150条第1項、法人税法第127条第1項）。青色申告が取り消されると、欠損金の繰越控除、少額減価償却資産の特例、各種特別控除などの税制優遇を受けられなくなります。

ただし、青色申告の取消しは「帳簿書類の備付け、記録又は保存が適正に行われていない場合」に該当する必要があり、単に電帳法の保存要件を満たしていないだけで直ちに取り消される事例は現時点では限定的です。国税庁も「電子データの保存要件を満たしていないことをもって、直ちに青色申告の承認取消しを行うわけではない」旨を公表しています。

調査官が電子データを確認する具体的な手順

税務調査の現場で、調査官が電子取引データをどのように確認するか、実務上の流れを解説します。従来の「帳簿を見せてください」という調査に加えて、電子データ特有のやり取りが発生します。

調査官はまず、経理担当者に「電子取引の保存方法はどのようにしていますか」と質問します。ここで会計SaaSを使っている場合はそのシステム名、ファイルサーバーやクラウドストレージに保存している場合はその保存先と運用ルールを回答します。

続いて、任意の取引を指定して「この取引の電子データを見せてください」と求めます。たとえば「2025年9月のA社からの請求書データを確認したい」というリクエストに対して、速やかにデータを画面に表示できるか、またはデータをダウンロードして提出できるかが試されます。

調査官は表示されたデータについて、タイムスタンプの有無、システム上の訂正・削除の履歴が残る仕組みになっているか、検索機能で取引年月日・金額・取引先で絞り込みができるかを確認します。事務処理規程で対応している場合は、規程の内容と実際の運用が一致しているかも問われます。

データが紙でしか保存されていない場合や、電子データが散逸していて速やかに提示できない場合、調査官は保存義務の不備として記録します。この不備の記録が、調査報告書における総合的な評価に影響を与えます。

税務調査で聞かれること20選と同様に、電帳法に関する質問にも落ち着いて対応できるよう、保存方法を事前に整理しておくことが重要です。

よくある不備と指摘パターン5選

税務調査で実際に指摘されやすい電帳法関連の不備を5つ紹介します。自社の運用と照らし合わせて、該当するものがあれば早めに改善してください。

パターン1 — メール添付PDFの印刷保存のみ

最も多い不備です。取引先からメール添付で受け取ったPDF請求書を印刷し、紙のファイルに綴じているだけのケースです。2023年12月まではこの運用で問題ありませんでしたが、2024年1月以降は電子データとしての保存が義務です。印刷した紙は補助的な資料としては有用ですが、電子データの保存を代替するものではありません。

パターン2 — ECサイト・クラウドサービスの領収書未保存

Amazon、楽天、モノタロウなどのECサイトで購入した消耗品の領収書や、クラウドサービス（AWS、Google Workspace、Zoom等）の利用明細は電子取引に該当します。「毎月の利用料はクレジットカード明細で確認している」という企業が多いですが、クレジットカード明細とは別に、取引の相手方から発行された電子的な領収書・請求書そのものの保存が必要です。

パターン3 — ファイル名が無規則で検索不能

電子データは保存しているものの、ファイル名が「invoice.pdf」「doc001.pdf」など無規則になっているケースです。前述のとおり、検索要件の緩和措置を受ける小規模事業者でも「ダウンロードの求めに応じられる状態」が条件です。ファイルが散在していて特定の取引データを見つけるのに時間がかかる状態は要件を満たしていない可能性があります。

パターン4 — タイムスタンプなし・事務処理規程なし

会計SaaSを使っておらず、ファイルサーバーに電子データを保存している場合、真実性の確保措置としてタイムスタンプの付与か事務処理規程の整備が必要です。どちらも対応していない場合は保存要件を満たしていません。事務処理規程は国税庁のサンプルをもとに自社用に作成するだけで対応できるため、コストをかけずに対策できる方法です。

パターン5 — 電子取引と紙取引の混在管理

同じ取引先から紙の請求書と電子の請求書が混在して届くケースは珍しくありません。この場合、紙で受け取った分は紙のまま保存し、電子で受け取った分は電子データのまま保存する必要があります。「紙に統一した方が管理しやすいから全部印刷する」という運用は、電子取引データの保存義務を満たしません。

電帳法対応チェックリスト

自社の電帳法対応状況を確認するためのチェックリストです。税務調査の事前準備（事前準備チェックリストを参照）とあわせて活用してください。

会計SaaS別の対応状況

主要な会計SaaSは電帳法の保存要件に対応するための機能を実装しています。自社で利用しているサービスがどの要件をカバーしているかを把握しておくと、対応漏れを防ぎやすくなります。

freee会計は、電子取引データの取り込み・保存機能を備えており、訂正・削除の履歴管理にも対応しています。ファイルボックス機能を使って電子取引データをアップロードすれば、検索要件も自動的に満たされます。タイムスタンプの付与は不要です（履歴管理で真実性を確保しているため）。

マネーフォワード クラウドも同様に、証憑の電子保存・検索機能・履歴管理に対応しています。電子取引データを仕訳と紐付けて保存できるため、調査時のデータ提示もスムーズです。

弥生シリーズ（弥生会計・やよいの青色申告）は、スマート証憑管理機能で電帳法に対応しています。タイムスタンプの付与機能があり、検索機能も実装済みです。

いずれのサービスも、電子取引データをシステムに取り込んで保存するまでの操作は手動です。「サービスを導入しただけ」では対応になりません。日々の業務フローの中で電子データを取り込む運用を定着させることが、対応の本質です。

事務処理規程の作成と運用のポイント

タイムスタンプを付与せず、履歴管理機能のあるシステムも使用しない場合の真実性確保措置として、事務処理規程の整備があります。中小企業の多くがこの方法で対応可能です。

規程に盛り込むべき内容は、電子取引データの訂正・削除を行う場合の手順と承認フロー、訂正・削除の記録（日時・理由・担当者）を残す方法、責任者の明記です。

運用上のポイントとして、規程を作成するだけでなく実際に運用していることが重要です。税務調査では「規程はありますが運用していません」という状態が最も問題になります。規程の存在と、規程に沿った運用の実績（訂正・削除が発生した場合の記録等）の両方が確認されます。

国税庁のWebサイトで公開されているサンプル規程は、法人用と個人事業者用の2種類があります。法人の場合は「法人の各事業所における電子取引データの取扱いに関する規程」をベースに、自社の組織体制や業務フローに合わせて修正します。

調査前に確認すべき3つの実務チェック

税務調査の通知を受けた段階で、電帳法関連について重点的に確認すべき事項をまとめます。税務調査の事前準備チェックリストの帳簿・証憑の準備と並行して進めてください。

1つ目の確認事項は、調査対象期間の電子取引データがすべて保存されているかです。対象期間の取引先一覧を出力し、各取引先から電子的に受領した請求書・領収書が保存されているかを突合します。漏れがある場合は、メールの受信履歴やクラウドサービスの利用履歴から当該データを探して保存し直します。

2つ目は、検索機能（またはダウンロード対応）が実際に機能するかの確認です。「2025年3月の株式会社X社からの請求書」のように具体的な条件で検索し、該当データが表示されるか試してみてください。会計SaaSの検索機能を使う場合も、絞り込み操作にスムーズに対応できるか事前に練習しておくと安心です。

3つ目は、事務処理規程を採用している場合の規程と運用の整合性です。規程が形骸化していないか、訂正や削除が発生した場合に規程どおりの記録が残されているかを確認します。規程の最終更新日が古い場合は、現在の業務フローと一致しているかも見直してください。

まとめ

電帳法の義務化から2年以上が経過し、税務調査における電子取引データの確認は特別な対応ではなく通常の調査項目のひとつになりつつあります。対応のポイントは、特別なシステムの導入ではなく、日々の業務フローの中で電子データを漏れなく保存する仕組みを定着させることです。

調査官が確認するのは、高度なシステムの有無ではなく、義務化された要件を理解して合理的な方法で対応しているかどうかです。会計SaaSの機能を使いこなすのもよし、ファイルサーバーと事務処理規程で対応するのもよし。自社の規模とリソースに合った方法で、着実に対応を進めてください。