更正の請求をe-Taxで行うやり方｜手順と注意点

確定申告を済ませた後に控除の計上漏れや計算ミスに気づくことがあります。納めすぎた税金を取り戻すには「更正の請求」が必要ですが、税務署に出向くのは手間がかかるし、書面での手続きは記入項目が多くて不安という方も多いのではないでしょうか。

e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えば、自宅のパソコンやスマートフォンから更正の請求書の作成・送信が完結します。書面提出と比べて添付書類の原本提出が省略でき、還付金の振込も早い傾向にあるため、手続きの負担を大幅に減らせる方法です。

本記事では、e-Taxで更正の請求を行う具体的な手順を、事前準備から送信完了後の流れまで順を追って解説します。更正の請求の制度全体のやり方や期限は別記事で解説していますので、制度の基礎から確認したい方はそちらもご覧ください。

更正の請求の概要とe-Taxで行うメリット

更正の請求とは

更正の請求は、国税通則法第23条に基づき、確定申告で税額を多く申告してしまった場合に正しい税額への修正を税務署に求める手続きです。控除の適用漏れ、所得金額の計算誤り、税率の適用ミスなどにより税金を納めすぎていた場合に、差額の還付を受けられます。なお、更正の請求には審査期間の長さや税務署からの確認など、事前に知っておくべき注意点やデメリットもあります。

請求の期限は法定申告期限から5年以内です。所得税であれば、2025年分の確定申告の法定申告期限は2026年3月16日（2026年は3月15日が日曜のため翌営業日）なので、2031年3月16日までに更正の請求書を提出する必要があります。

なお、税額が少なすぎた場合に追加で納付する「修正申告」とは手続きの方向が逆です。更正の請求と修正申告を混同すると、取り戻せるはずの税金を失う可能性があります。両者の違いは修正申告のデメリットとリスクで詳しく解説しています。

e-Taxを選ぶ3つの利点

更正の請求は書面（紙）でも提出できますが、e-Taxには書面にはないメリットがあります。

1つ目は、自宅から24時間手続きが完結する点です。税務署の窓口に出向く必要がなく、郵送の手間もかかりません。平日に時間が取れない給与所得者や、日常業務で忙しい経営者にとって大きな利点です。

2つ目は、添付書類の原本提出を省略できる点です。書面で更正の請求書を提出する場合、証拠書類（医療費の領収書、寄附金受領証明書など）の原本を添付する必要があります。e-Tax送信の場合はこの原本提出が免除されます。ただし、税務署から提示を求められた場合に備えて5年間の保管義務は残ります（国税通則法第23条第3項）。

3つ目は、還付金の振込が比較的早い点です。書面提出の場合は1か月から3か月程度かかることがありますが、e-Taxの場合は約3週間から1か月半程度で振り込まれる傾向にあります。審査状況によって前後はしますが、書面より処理が速いのは電子データで税務署の事務処理が効率化されるためです。

e-Taxで更正の請求をする前に必要な準備

e-Taxで更正の請求の手続きをスムーズに進めるには、事前準備が欠かせません。準備不足のまま作成コーナーに進むと、途中で手が止まって入力データが失われることもあるため、先に以下の項目を確認してください。

利用環境の確認

e-Taxの確定申告書等作成コーナーを利用するには、推奨環境を満たしたパソコンまたはスマートフォンが必要です。Windows、Mac、iOS、Androidのいずれでも利用可能ですが、ブラウザのバージョンやポップアップブロックの設定によってはエラーが出ることがあります。国税庁の推奨環境ページを事前に確認しておくと安心です。

認証方式の選択

e-Taxのログインには2つの方式があります。

マイナンバーカード方式は、マイナンバーカードとICカードリーダー（またはマイナンバーカード読取対応のスマートフォン）を使う方法です。マイナポータルとの連携により、ふるさと納税や保険料の情報を自動で取得できるため、入力の手間が減ります。

ID・パスワード方式は、税務署の窓口で本人確認の後に発行される「ID・パスワード」を使う方法です。マイナンバーカードを持っていない場合や、ICカードリーダーを準備できない場合に利用します。ただし、国税庁はマイナンバーカード方式への移行を推奨しており、ID・パスワード方式は暫定的な措置と位置づけられています。

手元に用意する書類

更正の請求書の作成にあたって、以下の書類を手元に準備します。

当初の確定申告書の控えは、更正前の所得金額や税額を入力する際に必要です。e-Taxで確定申告していた場合は、確定申告書等作成コーナーの「過去の申告書データの利用」機能で読み込めるため、控えの紙がなくても対応できます。

請求の理由を裏付ける証拠書類として、医療費控除であれば領収書や医療費通知、寄附金控除であれば寄附金受領証明書、社会保険料控除であれば控除証明書などが必要です。e-Tax送信時に原本の添付は不要ですが、入力する金額の根拠として参照するために手元に置いてください。

還付金の受取口座情報も必要です。本人名義の銀行口座またはゆうちょ銀行の口座を指定します。家族名義の口座は指定できないため注意してください。

e-Taxで更正の請求を行う手順（所得税の場合）

ここからは、所得税の更正の請求をe-Taxの確定申告書等作成コーナーで行う具体的な手順を説明します。

送信後はe-Taxのメッセージボックスに「受信通知」が届きます。この受信通知は更正の請求書を税務署が受け付けたことの確認であり、審査結果の通知ではありません。審査結果は後日、別途通知されます。

送信後の審査と還付の流れ

e-Taxで更正の請求書を送信した後、税務署は内容の審査を行います。審査にかかる期間は案件の複雑さによりますが、一般的には1か月から3か月程度です。e-Taxで送信した場合、書面提出より処理が早い傾向にあります。

審査の結果、更正が認められた場合は「更正通知書」が届き、指定した口座に還付金が振り込まれます。振込時には「国税還付金振込通知書」がはがきで届くため、振込日と金額を確認してください。

更正が認められなかった場合は「更正をすべき理由がない旨の通知書」が届きます。この通知に納得できない場合は、通知を受けた日の翌日から3か月以内に国税不服審判所に審査請求を行うことが可能です（国税通則法第75条）。更正処分への不服申立て手続きで具体的な流れを確認できます。

法人税・消費税の更正の請求をe-Taxで行う場合

ここまで所得税を前提に説明しましたが、法人税や消費税の更正の請求もe-Taxで提出可能です。

法人税の場合

法人税の更正の請求は、e-Taxソフト（ダウンロード版）またはe-Taxソフト（WEB版）から行います。確定申告書等作成コーナーは個人の所得税・贈与税・消費税が対象のため、法人税には対応していません。

法人税の更正の請求書は「別表一の次葉」と「更正の請求書」のセットで構成されます。別表の具体的な記入方法は法人税の更正の請求書の書き方で詳しく解説しています。e-Taxソフトの帳票選択画面から「更正の請求書」を選択し、法定申告期限から5年以内（平成23年12月2日以後に法定申告期限が到来するもの）に送信します。

法人がe-Taxを利用する場合は、法人の電子証明書（商業登記に基づく電子証明書など）で電子署名を行います。代表者のマイナンバーカードは使えないため注意してください。

消費税の場合

消費税の更正の請求は、個人事業主であれば確定申告書等作成コーナーから、法人であればe-Taxソフトから提出できます。

消費税で更正の請求が必要になる典型的なケースとして、仕入税額控除の計上漏れや、簡易課税制度の適用ミスが挙げられます。消費税の更正の請求期限も法定申告期限から5年以内です（国税通則法第23条第1項）。

e-Taxでの更正の請求でよくあるトラブルと対処法

e-Taxでの手続きは便利な反面、操作上のトラブルで戸惑うことがあります。事前に把握しておくことで、手続きの中断や二度手間を防げます。

マイナンバーカードが読み取れない

ICカードリーダーやスマートフォンでマイナンバーカードが読み取れない場合、まずカードの挿入方向とリーダーの接続状態を確認してください。スマートフォンで読み取る場合は、カードとスマートフォンのNFCの位置を合わせる必要があります。機種によってNFCの位置は異なるため、機種名で読み取り位置を検索することが重要です。

それでも読み取れない場合は、利用者クライアントソフト（JPKI利用者ソフト）のバージョンが古い可能性があります。最新版にアップデートしてから再度試してください。

過去の申告データが読み込めない

e-Taxで過去の申告を行っていても、利用者識別番号が当時と現在で異なる場合（転居等で再取得した場合など）はデータの自動読み込みができないことがあります。この場合は、手元の申告書の控え（e-Taxのメッセージボックスに保存されている受信通知や申告書PDFも可）を参照しながら手入力で当初の申告内容を再現してください。

送信時にエラーが発生する

送信時のエラーは、電子証明書の有効期限切れやネットワーク接続の不安定さが主な原因です。マイナンバーカードの電子証明書は発行から5回目の誕生日で失効するため、有効期限が切れていないか確認してください。失効している場合は、市区町村の窓口で更新手続きを行う必要があります。

入力途中でデータが消えた

確定申告書等作成コーナーでは、一定時間操作がないとセッションが切れてデータが失われることがあります。作業中はこまめに「入力データの一時保存」機能を使ってください。保存したデータは.dataファイルとしてダウンロードされ、次回アクセス時に読み込んで続きから作業できます。

書面提出との比較と使い分け

e-Taxと書面、どちらで更正の請求を提出するかは状況によって使い分けます。

e-Taxが向いているのは、パソコンやスマートフォンの操作に抵抗がなく、マイナンバーカードまたはID・パスワードを取得済みの方です。手続きの手間と還付までの時間を最小限にしたい場合はe-Taxを選ぶのが合理的です。当初の申告をe-Taxで行っている場合は、過去の申告データを自動で読み込めるため、手入力の負担もほぼありません。

書面が向いているのは、e-Taxの利用環境が整っていない方や、添付書類が複雑で紙の原本を直接見せて説明したい方です。税務署の窓口であれば職員に質問しながら手続きを進められるため、記入内容に自信がない場合は窓口持参のほうが安心できることもあります。

比較項目	e-Tax	書面（窓口持参・郵送）
提出場所	自宅のPC・スマートフォン	管轄税務署（持参または郵送）
受付時間	24時間（メンテナンス時間を除く）	税務署の開庁時間（平日8:30～17:00）
添付書類	原本提出の省略が可能（5年保管義務あり）	原本の添付が必要
還付までの目安	約3週間～1か月半	約1か月～3か月
必要な機器	PC＋ICカードリーダー（またはスマートフォン）	不要

更正の請求で注意すべき法的なポイント

虚偽の更正の請求に対する罰則

更正の請求書に虚偽の記載をした場合は、1年以下の懲役または50万円以下の罰金が科されます（国税通則法第127条第2号）。控除額の水増しや架空の経費を計上しての更正の請求は、税金を取り戻すどころか刑事罰の対象になります。更正の請求は正当な権利として認められた手続きですが、あくまで事実に基づいた請求である必要があります。

更正の請求と税務調査の関係

更正の請求を提出すると、税務署は内容を審査するために必要に応じて質問や資料の提出を求めることがあります。これは更正の請求に対する審査であり、一般的な税務調査とは性質が異なります。正当な理由があり証拠書類が揃っていれば、電話や書面での簡易な確認で審査が完了するケースがほとんどです。

ただし、更正の請求を契機として過年度の申告全体に目が向けられ、別の論点で税務調査に発展する可能性はゼロではありません。だからといって正当な更正の請求を控える必要はありませんが、更正の請求の対象年分については、ほかの項目にも誤りがないか事前に確認しておくと安心です。

更正の請求の期限に関する特例

通常の更正の請求は法定申告期限から5年以内ですが、国税通則法第23条第2項に定める「後発的事由」に該当する場合は、その事由が生じた日から2か月以内に更正の請求が認められることがあります。後発的事由には、判決による取引の無効・取消し、新たな証拠書類の発見、税法の解釈に関する最高裁判決の変更などが該当します。

5年を超えて更正の請求を行いたい場合は、後発的事由に該当するか否かの判断が必要になるため、税理士に相談することを推奨します。

中小企業の経理担当者が押さえるべき実務ポイント

個人事業主の所得税だけでなく、法人の経理担当者が更正の請求を行う場面もあります。中小企業で特に多いケースと実務上の注意点を整理します。

更正の請求が必要になる典型的なケース

中小企業で更正の請求が発生しやすいのは、決算後に経理処理の誤りが判明するケースです。たとえば、減価償却費の計算で耐用年数の適用を間違えていた、交際費の損金算入限度額を誤って計算していた、所得拡大促進税制の適用要件を満たしていたのに申告書で記載を漏らしていた、といった事例があります。

消費税では、課税売上割合の計算誤りや、本来控除できた仕入税額を計上していなかったケースが典型的です。インボイス制度の下では、適格請求書の保存要件に起因する仕入税額控除の過少計上も更正の請求の原因になりえます。

税理士との連携

更正の請求の内容が複雑な場合（複数年分にまたがる、税額が大きい、法人税と消費税の両方に影響するなど）は、税理士に依頼したほうが確実です。税理士がe-Taxの代理送信機能を使って、納税者に代わって更正の請求書を提出することも可能です。

税理士に依頼する場合も、当初の申告書の控え、証拠書類、更正の請求に至った経緯の説明資料は経理側で準備してから相談すると、やり取りがスムーズになります。

まとめ

更正の請求は「払いすぎた税金を取り戻す」納税者の正当な権利です。e-Taxを活用すれば、手続きの手間と待ち時間の両方を減らすことができます。

操作の途中で不明点があれば、e-Taxのヘルプデスク（0570-015-901）に電話で問い合わせることも可能です。手続き自体に不安がある場合や、更正の請求の内容が複雑な場合は、税理士に相談したうえで進めるのが確実です。

財務改善ナビでは、中小企業の税務・財務に関する実務的な情報を発信しています。確定申告や税務調査への対応について確認事項がある場合は、お問い合わせフォームからご相談ください。