会社の廃業手続きガイド｜清算から届出まで

東京商工リサーチの調査によると、2024年の休廃業・解散件数は約5万件を超え、過去最多を更新し続けています。その背景には、経営者の高齢化、後継者不在、人手不足といった構造的な問題があります。

注目すべきは、廃業する企業の約6割が黒字であるという事実です。事業自体は利益を出しているものの、後継者がいない、体力的に続けられないといった理由で廃業を選択する経営者が増えています。

本記事では、中小企業の経営者向けに、廃業の具体的な手続きの流れ、かかる費用、注意すべきポイントを解説します。

廃業を決断する前に検討すべきこと

事業承継・M&Aという選択肢

廃業を決める前に、事業承継やM&Aの可能性を検討してみてください。

事業承継の選択肢としては、親族への承継（息子・娘・配偶者など）、社内の役員・従業員への承継（MBO）、外部からの後継者招聘があります。

M&A（第三者への売却）も有力な選択肢です。中小企業のM&A市場は拡大しており、年商1億円未満の企業でも買い手がつくケースが増えています。事業譲渡・株式譲渡など形態はさまざまで、M&A仲介手数料は最低報酬300〜500万円が相場ですが、公的機関（事業引継ぎ支援センター）の無料相談も利用できます。

廃業のタイミングの見極め方

次の表を参考に、廃業を前向きに検討すべきタイミングかどうかを判断してください。

判断基準	廃業を検討	もう少し続ける
経営者の年齢	65歳以上で体力に不安	まだ元気で意欲あり
後継者	不在・候補もいない	候補がいる・育成中
事業の将来性	市場が縮小傾向	まだ成長の余地あり
財務状況	資産超過（黒字廃業可能）	債務超過（清算できない）
従業員	少人数・再就職可能	多数・影響が大きい

重要なのは、債務超過の状態で廃業（通常清算）はできないという点です。負債が資産を上回る場合は、特別清算または破産の手続きが必要です。まず事業再生の可能性を検討したうえで、廃業の判断をすることが重要です。

株式会社の廃業手続きの全体像

廃業手続きのスケジュール

株式会社の廃業（解散・清算）は、最短でも約3〜4か月かかります。

手続き	時期	所要期間
株主総会で解散決議	開始時	1日
解散登記・清算人選任登記	決議後2週間以内	1〜2週間
税務署等への届出	解散後速やかに	1週間
官報公告（債権申出の催告）	解散後速やかに	掲載まで1〜2週間
債権申出期間	公告掲載から	最低2か月
残余財産の確定・分配	債権申出期間経過後	1〜2週間
清算確定申告	残余財産確定から	1か月以内
清算結了登記	確定申告後	1〜2週間

清算事業年度の法人税・みなし配当の源泉税・株主の手取り額は会社清算の税金と残余財産分配に残余財産規模別の早見表をまとめています。

手続きにかかる費用の目安

費用項目	金額
解散登記の登録免許税	30,000円
清算人選任登記の登録免許税	9,000円
清算結了登記の登録免許税	2,000円
官報公告費用	約30,000〜40,000円
法定費用の合計	約71,000〜81,000円
司法書士への依頼費用	100,000〜200,000円
税理士への依頼費用（清算確定申告）	100,000〜300,000円
専門家費用込みの合計	約270,000〜580,000円

廃業手続きの詳細フロー

廃業手続きの8ステップ

ステップ1の詳細について

会社を解散するには、株主総会の特別決議が必要です（会社法第471条第3号）。

特別決議の要件として、議決権を行使できる株主の過半数が出席し、出席株主の議決権の3分の2以上の賛成が必要です。 中小企業の多くはオーナー社長が100%株主なので、実質的には社長一人の判断で決議できます。

同時に決議する事項は、解散の決議、清算人の選任（通常は代表取締役がそのまま清算人に就任）、解散日の決定の3つです。

ステップ2：解散登記・清算人選任登記

解散決議後、2週間以内に法務局で解散の登記（登録免許税30,000円）と清算人選任の登記（登録免許税9,000円）を行います。

必要書類は、株主総会議事録、清算人の就任承諾書、定款、登記申請書です。

ステップ3：各種届出

解散後、税務関係と労務関係の届出を行います。

税務関係:

届出先	届出書類	期限
税務署	異動届出書（解散の届出）	解散後速やかに
税務署	解散事業年度の確定申告	解散日から2か月以内
都道府県税事務所	異動届出書	解散後速やかに
市区町村	異動届出書	解散後速やかに

労務関係（届出期限が短いため要注意。詳細は社会保険の脱退手続きガイドを参照）:

届出先	届出書類
年金事務所	適用事業所全喪届
ハローワーク	雇用保険適用事業所廃止届
労働基準監督署	労働保険確定保険料申告書

ステップ4：官報公告（債権申出の催告）

解散後、官報に公告を掲載し、会社の債権者に対して一定期間内に債権の申出をするよう催告します（会社法第499条）。

また、知れている債権者（取引先等）には個別に通知を行います。取引先への通知文の書き方やタイミングは廃業時の取引先への挨拶・通知文テンプレートにまとめています。

ステップ5：清算事務（資産の処分・債務の弁済）

清算人は次の清算事務を行います。

1. 現務の結了 — 未完了の取引の処理、在庫の処分
2. 債権の取立て — 売掛金等の回収
3. 資産の換価 — 不動産・車両・設備等の売却
4. 債務の弁済 — 買掛金・借入金・未払税金の支払い
5. 残余財産の確定 — すべての資産・負債を処理した後の残額

ステップ6：残余財産の分配

すべての債務を弁済した後に残余財産がある場合は、株主に分配します。

分配にあたっては、株主にとってみなし配当として課税される場合がある点に注意が必要です。出資額（資本金）の返還部分は非課税ですが、それを超える部分は配当所得として課税対象になります。

ステップ7：清算確定申告

残余財産が確定したら、1か月以内（残余財産確定日の翌日から1か月以内、ただし確定日の翌日から1月以内に残余財産の最後の分配が行われる場合はその行われる日の前日まで）に清算確定申告を行います。

清算確定申告では、解散日の翌日から残余財産確定日までの期間の所得に対する法人税を計算します。廃業年度の確定申告の具体的な手順や期限、個人事業主の場合の注意点は廃業時の確定申告ガイドで詳しく解説しています。

ステップ8：清算結了登記

清算事務がすべて完了したら、法務局で清算結了の登記を行います（登録免許税2,000円）。必要書類や申請期限の詳細は清算結了登記の必要書類と手続きを参照してください。

この登記をもって会社は法的に消滅します。廃業後に借入金が残る場合の対処法は廃業したら借入金はどうなる？で解説しています。

個人事業主の廃業手続き

個人事業主の場合は、法人と異なり登記は不要で、届出のみで手続きが完了します。

届出先	届出書類	期限
税務署	個人事業の開業・廃業等届出書	廃業日から1か月以内
税務署	所得税の青色申告の取りやめ届出書	翌年3月15日まで
税務署	事業廃止届出書（消費税の課税事業者の場合）	速やかに
都道府県税事務所	事業開始（廃止）等届出書	各都道府県の条例による

個人事業主の廃業は、法人に比べて手続きが大幅にシンプルです。

従業員への対応

解雇予告と退職手続き

従業員への対応として必要なのは、30日以上前の解雇予告（書面で通知）、未払い賃金の精算、退職金の支払い（規定がある場合）、有給休暇の消化または買取り、離職票の発行（ハローワーク経由）、社会保険の資格喪失届の提出、源泉徴収票の交付です。

再就職支援

従業員の再就職を支援することは、経営者としての責任であると同時に、円満な廃業のために重要です。

ハローワークへの事前相談（大量雇用変動届の提出が必要な場合あり）、取引先・同業者への紹介、再就職支援会社の利用（大企業向けだが中小でも利用可能）といった方法があります。

廃業時の税務上の注意点

みなし譲渡課税

法人が解散した場合、残余財産の分配はみなし譲渡として課税される場合があります。

特に、時価と帳簿価額が大きく異なる資産（不動産など）がある場合は注意が必要です。

欠損金の繰戻還付

清算事業年度に欠損金が発生した場合、過去に納付した法人税の還付を受けられる場合があります（法人税法第80条）。

消費税の最終申告

廃業年度の消費税申告を忘れないようにしましょう。仕入税額控除の精算や、棚卸資産のみなし譲渡に係る消費税の処理が必要になる場合があります。

まとめ

廃業は経営者にとって辛い決断ですが、「事業を閉じる」ことも重要な経営判断です。適切な手続きを踏み、関係者への影響を最小限に抑えた円満な廃業を目指しましょう。

廃業前の財務整理や残余資産の処理について確認事項がある場合は、無料相談からご連絡ください。